Samsung zastavil podporu svého Galaxy S II už u Androidu 4.1 Jelly Bean, což je stále dobrá podpora vzhledem k tomu, že původní verze, se kterou byl model dodáván byla 2.3 Gingerbread. Díky podpoře různých custom rom (hlavně Cyanogen Modu) se však Galaxy S II dočkal jak KitKatu, tak Lollipopu.
I přesto, že se to zdálo takřka nemožné, se S II dočkala i neoficiální ROM s Androidem 6.0 Marshmallow. Neočekávejte však moc funkcí, protože se jedná o tzv. Night verzi, která je plná bugů, nedodělků a mnoho funkcí není vůbec dostupných.
